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42条2項道路の通行権につきましては、
『建築基準法で交通の妨害となるような行為をすることが
　禁止されている等各種の制限があることから、
　専ら一般公衆の通行のために利用されるべきものである
　と考えられています』

然し、判例の多くは
『私人の日常生活上に必須な道路利用である場合には、
　民法上保護される自由権（人格権）として保護されるべきであり、
　この自由権が侵害され、その侵害が重大かつ継続のものである
　ときは、自由権に基づいて妨害排除や妨害予防ができるという
　言い方をしています（東京地判平5・6・1判決等）。』

私見ではありますが、
この判例に沿って考えてみますと、
建築確認は、この42条2項道路の通行を前提として
許可されている訳ですし、この私道を通行しない限りは、
建物を建設する事は出来ない訳です。

万が一、新築工事の妨害が有った場合ですが、
２００万円を支払う必要性は無いと思いますので、
私道所有者と粘り強い交渉をする事になると思います。

この交渉が決裂した場合は、貴方はその妨害排除の為に、
内容証明の送付、更には妨害排除の民事訴訟を行なう必要が
有るかも知れませんね。

その場合は、弁護士等の専門家に相談した方が良いと思います。