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私見ですが、
「更新事務手数料」は更新を依頼する側が支払うのが筋です。
貴方は、自動更新を希望し、大家が２年毎の更新を希望するのなら、大家が支払うべきものです。
尚、更新事務手数料の金額については、法的決まりは有りませんが、
大体は更新後家賃の50%以内としているようです。

また、宅建業者が２年毎の更新を強制出来るものでも御座いませんので、
大家と貴方が、自動更新をご希望すれば良いだけだと思います。
にも関わらず、宅建業者が強固に２年更新を言い張ったら、
都道府県の住宅部等の監督行政官にご相談されれば良いでしょう。