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北杜宅建センターの萩原と申します。

１、契約期間内で通知期間経過後の通知については、
その後６ヶ月で問題ないのですが、契約期間終了後の通知については
いろいろな説があり議論のあるところでしょう。
相談者が自ら記載しているように、
①問題ない②普通借家になる
③あまり期間が長いと普通借家になる、などです。
①か②かは議論のあるところですが、
少なくとも③は信義則からすれば理解できるものだと考えています。

２、大家が、定期借家期間終了の通知をしないまま賃料（実質）として
受け取り、他方正当事由もなしにいつでも６ヵ月後に解約できるとする
のは、信義則から考えれば好ましいものではありません。

３、大家さんは、定期借家にするのか、普通借家にするのか、
明け渡しをお願いするのか、早急に明確にすべきです。

私見ですが、
基本の契約は定期借家契約です。
その終了通知が期間終了後に行われた場合は、
６ケ月間は終了通知を出しても無効です。
そして、その６ケ月経過後に終了通知を発送したとの事ですから、
この点についての問題は無いでしょう。

その後の６ケ月の家賃の受領は、居座った賃借人の対価と思いますから、
まだ新たな契約や再契約が行われたということにはならないと思います。

尚、終了後の通知に関して、普通借家契約に転換している
と言う説については、個人的には疑問を感じます。
その根拠については、国交省の下記サイトの
（期間の満了により賃貸借が終了する旨の通知）の中の
『Ｑ３　通知期間経過後に通知すると、借家関係はどうなるのですか。』
をご覧ください。

http://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/house/teishaku/111215-4.htm

個人的には、
再契約を正式に締結しない限り、
従前の定期借家契約が生きていると思いますし、
そうでなければ定期借家の存在意義さえなくなってしまうと思います。

契約は終了しており、且つ家賃については居座りの対価として
当然の権利として受領しているに過ぎないとの、
意思表示を明確に著した内容証明を、
退去するまで何度でも送付するのが良いのではないでしょうか。

強制執行等の法的手続きについては、
その後の借家人の対応を見た上で、
弁護士等に依頼すれば良いと思います。