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私見ですが、
契約書の成立と印紙税の納付は、別個のものです。
印紙を貼らなくとも、契約は成立しておりますので、
仲介業者の手数料とは基本的に無関係と思います。

印紙は契約当事者が貼るものですから、
買って納税し貼りつけすべきは契約当事者である売主と買主です。

仲介業者は、便宜上印紙を立替えて買ってくるだけです。
その買ってきた印紙が破けたのは業者の落ち度でしょう。
その場合、印紙代の仲介手数料を値引くから、
印紙を貼り替えて下さいと言うのは、妥当な対応かと思います。

何が問題が有るのかが、解かりませんし、
何が納得できないのかも解かりません。
まさか、その程度の事で損害賠償が欲しいとでも仰りたいのでしょうか。

もし、本気で損害賠償等が取れるとお考えなら、
どこにでもご相談されるのが宜しいかと思います。