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私見ですが、
個人事業主ということになりますと、
その倉庫が、自分の事業に適切かどうかの判断は、
ある程度は貴方自身が行う必要が有るでしょう。

浸水の原因にもよるでしょうが、
ある程度の浸水は想定出来たとも思われます。
多分、窪地に近い地形か、窪地を埋土した地域かも知れませんね。

６５万円の被害について、
全て大家の責任というのは、無理が有る様にも思いますが、
然し、交渉は、お互いが納得できるかどうかですから、
貴方の要望を大家に伝える事も大事です。
粘り強い交渉を頑張って下さい。