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私見ですが、
居住用資産売却の３，０００万控除は、
住まなくなった日から、３年後の１２月３１日までの間の譲渡が対象
となっている筈だと思います。再度日付の確認を行ってみて下さい。

また、買換えを行う場合は、特定事業用資産の買換え特例を使う
手段も検討出来るかとも思います。

詳しい事は、お近くの不動産業者・会計事務所・税務署等に
ご相談されては如何ですか。