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私見ですが、
契約書の内容によると思います。
更新時に新規契約を締結して無い場合は、
旧契約を引き継ぐと同意して有ったかどうかによると思います。

ただ、旧契約を引き継ぐとしても、
家賃の請求時に３年毎の３％アップを大家は請求すべきだった
と思いますし、それを行わず家賃を受領していたと言う事は、
家賃据え置きを了解したとも取れます。

取り敢えずは、大家が文句を言わず据え置き家賃を受領していた点を
挙げて、返還請求をしてみては如何でしょうか。