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私見ですが、
恐らく会社の代表者と同一若しくは役員と同一
と言う事かと思いますので、親族間売買と言う事でしょう。

その場合は、路線価が基準となるでしょう。
もっと安くしたい場合は、不動産鑑定士にご相談し、
それなりの根拠の基に税務署と交渉する事になるかと思います。

詳しい事は、会計事務所・不動産鑑定士にご相談下さい。