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私見ですが、
詳細な情報が解からないので、一般論としてご説明致します。

手付金授受の伴う売買契約の締結の場合、当然、売主は手付金を受け取っております。
買主の都合による解約の場合は、この手付放棄を行う事により契約を解約致します。
通常はこれが違約金となります。

恐らく、停止条件とは手付解約期限内の解約の事を指し、
融資特約は買主の故意過失によらない
融資不可の場合の解約の事を指すのでしょう。
つまり、今回の買主都合による解約は、このどちらにも該当しないので、
業者は手数料を請求したのだと思います。

当社の場合は手付金授受を伴う売買契約の場合、
媒介手数料は契約成立時に全額頂く様にしております。
通常は、手付金は売買価格の２割であり、媒介手数料は売買価格の３％＋６万と消費税です。
１０００万の売買価格ですと、
手付金は２００万（これが放棄されます）
媒介手数料は、３７．８万です。
つまり、１６２．２万円が売主様の手元に残ります。
手付金が１割の１００万円としても、６２．２万円が残ります。

今回のご相談では、手付金の額（違約金の額）と、媒介手数料が解かりませんが、
恐らく売主様の手元には、それなりに残るのでは無いでしょうか。
勿論、媒介手数料が手付金よりも高い場合は、手数料の減額を交渉すべきとは思います。

建具等の修繕につきましては、次の販売時にメリットとなるので、
物件の価値が上がる事は合っても下がる事は無いでしょう。
但し、手付金よりも修理代＋手数料の方が高額な場合は、減額を交渉したら良いと思います。