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まず、『申請費用84万（建築確認も申請してないのに異常な金額）、設計費用34万（これも図面によるが建築確認を出す前としては、異常な金額）づつ』の明確な内容を書面にて提出して頂く必要があります。
次に、その契約書の内容を良く検討して下さい。

大手ハウスメーカーは、良くこの様な違法すれすれの異常な設計料を請求する様な販売方法を取っていると聞きますが、最終的には『契約書』の内容が重要となります。
一営業マンの口約束は『言った言わない』の問題になりますし、
最後は、その営業マンを首にするか、遠隔地に飛ばして、契約書を盾にとってきます。
今後は、そのハウスメーカーの営業マンとの交渉は、全て証拠が残る書面を残すことをお薦め致します。
（打合書もサインを貰う）
（最低限、録音はしておく）
そうすれば、そのハウスメーカー本体を追い込むことも、不可能とは思いません。

尚、支払済みの金員は別として、今後は如何なる金員も、ハウスメーカーの請求に従って支払うことは、ご相談者が納得出来ない限り行わない方が良いでしょう。
最終的には『裁判の判決』のみが効力を発します。
交渉の段階では、ご相談者側の言い分を、強く主張すべきでしょう。
そして出来れば、行政等の行っている無料法律相談にご相談されてみるべきとも思います。